南京軍區(qū)南京總醫(yī)院前身是國立中央醫(yī)院,中國第一所國立大型綜合性醫(yī)院,是集醫(yī)療、教學、科研、保健于一體的大型現(xiàn)代化綜合性三級甲等醫(yī)院,簡稱“(南京)軍區(qū)總院”。南京大學醫(yī)學院臨床學院,南方醫(yī)科大學臨床學院,第二軍醫(yī)大學等校的教學醫(yī)院。1994年首批被評為“三級甲等醫(yī)院”,1999年獲得“全國百佳醫(yī)院”稱號,2000年經(jīng)人事部批準,在全國醫(yī)院系統(tǒng)首家設(shè)立博士后科研工作站,2002年被批準獨立招收博士后。2003年7月,醫(yī)院內(nèi)科學、外科學被國務(wù)院學位委員會、教育部批準為博士學位授予權(quán)學科。同年醫(yī)院榮獲“全國擁政愛民模范單位”稱號。2004年成為軍隊博士后管理信息中心。