國(guó)科學(xué)院亞熱帶農(nóng)業(yè)生態(tài)研究所的前身是中國(guó)科學(xué)院桃源農(nóng)業(yè)現(xiàn)代化研究所,成立于1978年6月19日。1979年從湖南省桃源縣遷至湖南省會(huì)長(zhǎng)沙,并更名為中國(guó)科學(xué)院長(zhǎng)沙農(nóng)業(yè)現(xiàn)代化研究所。2002年5月,研究所整體進(jìn)入中國(guó)科學(xué)院知識(shí)創(chuàng)新工程試點(diǎn)序列,其學(xué)科方向調(diào)整為亞熱帶復(fù)合農(nóng)業(yè)生態(tài)系統(tǒng)生態(tài)學(xué)。2003年10月更名為中國(guó)科學(xué)院亞熱帶農(nóng)業(yè)生態(tài)研究所。