發(fā)表Nature、Science等雜志七十多篇論文的中科院老師來授課

可以回放 免費(fèi)復(fù)聽 建群長期答疑 一對(duì)一輔導(dǎo)

本班特色

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1，本課程設(shè)置從零基礎(chǔ)開始一步一步遞進(jìn)，掌握各種組學(xué)（RNA-seq、ChIP-seq、ATAC-seq等）bulk及單細(xì)胞分析技能

2，從生信零基礎(chǔ)開始到單細(xì)胞基礎(chǔ)和高階課程，最后到空間轉(zhuǎn)錄組和單細(xì)胞機(jī)器學(xué)習(xí)應(yīng)用逐步提高，

3，系統(tǒng)學(xué)學(xué)習(xí)，一次學(xué)到位，包教包會(huì)，

4，連續(xù)一個(gè)月緊湊學(xué)習(xí)，精細(xì)化講解 將單細(xì)胞內(nèi)容全部學(xué)懂、學(xué)會(huì)、學(xué)透徹、學(xué)以致用，

5，了解單細(xì)胞測(cè)序基本概念及原理、測(cè)序分析的常用軟件、測(cè)序數(shù)據(jù)的下載方法和研究思路、學(xué)會(huì)用R代碼進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析并作圖、熟悉CNS雜志單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組文章思路、熟悉零成本的單細(xì)胞相關(guān)課題設(shè)計(jì)思路、獲得全套全自動(dòng)化分析單細(xì)胞數(shù)據(jù)的流程腳本

6，空間基礎(chǔ)處理、多樣本聯(lián)合分析、單細(xì)胞空間聯(lián)合分析、空間轉(zhuǎn)錄組通訊分析、軌跡分析、富集分析、高級(jí)繪圖、空間轉(zhuǎn)錄組繪圖、空間轉(zhuǎn)錄組細(xì)胞聚類、細(xì)胞共定位、細(xì)胞網(wǎng)絡(luò)等

7，機(jī)器學(xué)習(xí)單細(xì)胞分析應(yīng)用

8，一次報(bào)班不用東拼西湊反復(fù)報(bào)名各類生信單細(xì)胞培訓(xùn)班。

主講老師：??來自中科院，長期從事單細(xì)胞多組學(xué)方面的項(xiàng)目研究，發(fā)表Nature、Science等雜志七十多篇論文，累計(jì)引用上萬次，目前承擔(dān)國家科技部、國家自然基金委和重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃等多項(xiàng)課題。

課程安排

第一節(jié)課?單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)與應(yīng)用

1.單細(xì)胞組學(xué)研究簡(jiǎn)介

2.單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)發(fā)展及其原理

3.單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組樣本處理、建庫及測(cè)序

4.單細(xì)胞組學(xué)在腫瘤、發(fā)育、免疫等科研領(lǐng)域的應(yīng)用及研究思路

5.單細(xì)胞測(cè)序常用圖表解讀

第二節(jié)課：R語言入門及圖形繪制

1.R語言簡(jiǎn)介及安裝，RStudio的安裝及使用說明

2.多種來源R包的安裝及使用

3.R語言簡(jiǎn)單語法及常見命令

4.R語言數(shù)據(jù)處理及統(tǒng)計(jì)應(yīng)用

5.R語言繪圖實(shí)操：小提琴圖，箱型圖，火山圖，熱圖，網(wǎng)絡(luò)圖，GO、KEGG富集圖

第三節(jié)課：?jiǎn)渭?xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析模塊及思路

1.單細(xì)胞經(jīng)典文獻(xiàn)串講熟悉單細(xì)胞分析內(nèi)容和重點(diǎn)

2.單細(xì)胞高分文章分析思路解析（細(xì)胞群鑒定、擬時(shí)序分析、差異表達(dá)、功能富集、轉(zhuǎn)錄因子、細(xì)胞通訊等）

3.單細(xì)胞10大分析模塊總結(jié)

4.單細(xì)胞組學(xué)分析常用數(shù)據(jù)庫介紹及使用

5.自測(cè)和挖掘單細(xì)胞項(xiàng)目思路歸納總結(jié)

第四節(jié)課：Linux服務(wù)器使用及常規(guī)多組學(xué)分析實(shí)戰(zhàn)

1.Linux命令入門講解及實(shí)操訓(xùn)練

2.常規(guī)bulk組學(xué)分析軟件及流程介紹

3.RNA-seq上游質(zhì)控、比對(duì)及基因表達(dá)定量

4.ChIP-seq數(shù)據(jù)分析、peak calling及圖形可視化

5.ATAC-seq數(shù)據(jù)分析及peak calling

第五節(jié)課：?jiǎn)渭?xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析實(shí)操

1.10X官方單細(xì)胞軟件Cellranger講解及實(shí)操

2.從基因表達(dá)矩陣開始到marker基因篩選全過程講解及實(shí)操

3.通過Seurat質(zhì)控基因和細(xì)胞

4.Seurat歸一化處理、PCA降維、聚類、tSNE、UMAP可視化

5.多種方法定義細(xì)胞類型

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第六節(jié)課：?jiǎn)渭?xì)胞轉(zhuǎn)錄組多樣本整合及分析

1.DoubletFinder進(jìn)行雙細(xì)胞去除

2.重要參數(shù)個(gè)性化調(diào)整講解

3.細(xì)胞亞分群分析

4.單細(xì)胞組間差異分析

5.通過Seurat?及harmony合并多樣本及消除樣本異質(zhì)性

第七節(jié)課：多種功能富集及基因集打分方法實(shí)操

1.功能富集分析介紹及常用圖形解析

2.通過R包進(jìn)行GO及KEGG功能富集

3.通過DAVID及metascape等網(wǎng)站進(jìn)行富集分析

4.GSEA軟件及R包完成GSEA分析

5.通過GSVA，AddModuleScore，AUCell等計(jì)算基因集得分

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第八節(jié)課：多種擬時(shí)序分析方法介紹及實(shí)操

1.monocle擬時(shí)序分析細(xì)胞及基因選擇、降維及細(xì)胞排序

2.monocle擬時(shí)序各種常用圖形繪制

3.monocle擬時(shí)序差異表達(dá)基因鑒定及功能富集

4.RNA速率方法介紹及流程講解

5.CytoTRACE進(jìn)行擬時(shí)間分析

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第九節(jié)課：細(xì)胞通訊及細(xì)胞代謝分析介紹及實(shí)操

1.Cellphonedb細(xì)胞通訊分析和圖形可視化

2.CellChat單和多數(shù)據(jù)集分析

3.CellChat各種圖形可視化

4.NicheNet分析配體對(duì)下游基因調(diào)控

5.scMetabolism單細(xì)胞代謝分析

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第十節(jié)課：轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)及拷貝數(shù)變異分析

1.SCENIC轉(zhuǎn)錄因子分析方法介紹

2.SCENIC共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)推斷和motif分析

3.SCENIC細(xì)胞調(diào)控網(wǎng)絡(luò)活性得分和可視化

4.hdWGCNA單細(xì)胞共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析

5.inferCNV推斷染色體拷貝數(shù)變異

第十一節(jié)課：?jiǎn)渭?xì)胞多組學(xué)分析思路和方法

1.單細(xì)胞各種組學(xué)技術(shù)介紹

2.單細(xì)胞常用聯(lián)合組學(xué)解析

3.單細(xì)胞多組學(xué)整合分析方法

4.轉(zhuǎn)錄組+蛋白組聯(lián)合分析

5.轉(zhuǎn)錄組+ATAC聯(lián)合分析

第十二節(jié)課：空間轉(zhuǎn)錄組理論及分析內(nèi)容

1.空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)發(fā)展歷程和原理介紹

2.空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)在科研領(lǐng)域的應(yīng)用

3.空間轉(zhuǎn)錄組CNS文章思路解析及常見圖形解讀

4.空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)在癌癥、發(fā)育及神經(jīng)科學(xué)等領(lǐng)域的研究內(nèi)容及思路

5.空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析模塊及與單細(xì)胞數(shù)據(jù)整合分析思路

第十三節(jié)課：空間轉(zhuǎn)錄組分析及與單細(xì)胞聯(lián)合分析實(shí)操

1.10x Visium官方分析軟件Space Ranger講解及實(shí)操

2.Space Ranger輸出結(jié)果解讀

3.通過Seurat軟件進(jìn)行降維、聚類和可視化

4.通過Seurat進(jìn)行基因表達(dá)可視化，空間變量特征識(shí)別

5.與單細(xì)胞數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)分析（空間細(xì)胞類型定義）

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第十四節(jié)課：空間轉(zhuǎn)錄組細(xì)胞通訊、軌跡、共定位及共表達(dá)分析

1.空間轉(zhuǎn)錄組細(xì)胞通訊分析

2.空間轉(zhuǎn)錄組打分及可視化

3.空間轉(zhuǎn)錄組空間軌跡分析

4.空間轉(zhuǎn)錄組共定位分析

5.空間轉(zhuǎn)錄組共表達(dá)分析

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第十五節(jié)課：?機(jī)器學(xué)習(xí)基礎(chǔ)理論及單細(xì)胞應(yīng)用介紹

1.機(jī)器學(xué)習(xí)基本概念介紹

2.常用機(jī)器學(xué)習(xí)模型介紹

3.單細(xì)胞分析中的常見機(jī)器學(xué)習(xí)方法

4.降維聚類的機(jī)器學(xué)習(xí)算法

5.分群注釋的機(jī)器學(xué)習(xí)算法

第十六節(jié)課：機(jī)器學(xué)習(xí)方法應(yīng)用及單細(xì)胞空間多組學(xué)思路總結(jié)

1.機(jī)器學(xué)習(xí)方法進(jìn)行細(xì)胞類型注釋

2.機(jī)器學(xué)習(xí)方法Tangram預(yù)測(cè)空間轉(zhuǎn)錄組的基因表達(dá)

3.機(jī)器學(xué)習(xí)方法cell2location預(yù)測(cè)空間轉(zhuǎn)錄組的細(xì)胞類型

4.歸納總結(jié)零成本單細(xì)胞和空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)挖掘思路

5.單細(xì)胞及空間多組學(xué)基金申請(qǐng)思路、準(zhǔn)備內(nèi)容及注意事項(xiàng)等

學(xué)習(xí)相關(guān)問題

會(huì)議時(shí)間：

9月28日開始?一個(gè)月時(shí)間

每個(gè)周六 周日?全天

上午8：30-11:30

下午2:00-5:00

授課方式：

騰訊會(huì)議線上直播

主辦單位：

瑋瑜科研平臺(tái)

承辦單位：

上?，|瑜生物科技有限公司

上?，|瑜信息科技有限公司

會(huì)議費(fèi)用：

課程費(fèi)用：?jiǎn)为?dú)報(bào)名6600/人

（可開會(huì)務(wù) 、注冊(cè)?技術(shù)服務(wù)?數(shù)據(jù)分析等發(fā)票）