培訓(xùn)大綱：

一 、分子鑒定的應(yīng)用

1、微生物、動(dòng)物、植物資源普查

2、檢驗(yàn)檢疫

3、中藥材真?zhèn)舞b定

4、食品質(zhì)量安全

5、疾病診斷和預(yù)防

6、分子育種

二、DNA測(cè)序技術(shù)-遺傳檢測(cè)的利器

1、第一代測(cè)序技術(shù)：Sanger測(cè)序原理

2、第二代測(cè)序技術(shù)：Illumina，454, Ion Torrent原理

3、第三代測(cè)序技術(shù)：PacBio, Hellicos原理

4、第四代測(cè)序技術(shù):Oxford NanoPore原理

5、Hybridization based methods

6、測(cè)序技術(shù)的比較及展望?

三、Sequence-independent分子標(biāo)記的開(kāi)發(fā)及應(yīng)用

1、Restriction fragment length polymorphism （RFLP）

2、Random amplified polymorphic DNA （RAPD）

3、Simple sequence repeats （SSR）

4、Single strand conformation polymorphism （SSCP）?

5、Cleaved amplified polymorphic sequence （CAPS）

6、Sequence characterized amplified region （SCAR）

7、Amplified fragment length polymorphism （AFLP）

8、Inter-retrotransposon amplified Polymorphism （IRAP）

9、REtransposon-microsatellite amplified polymorphism （REMAP）

四、equence-dependent分子標(biāo)記開(kāi)發(fā)及應(yīng)用

1、常用的DNA條形碼標(biāo)記：ITS，ITS1，ITS2，trnH-psbA，rbcL-matK，COI等

2、常用DNA條形碼鑒定方法：sequence similarity-based （Blast， Hidden Markov Model），tree-based，cutoff-based

3、篩選最優(yōu)DNA條形碼指標(biāo)

⑴PCR amplification success

⑵Sequencing efficiency

⑶Species distinguishing power

⑷DNA barcoding gap

DNA barcoding相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)

⑴BOLD: Barcode of Life Database

⑵BOMMD: Barcode of Medicinal Materials Database

五、基于全基因組序列的新的分子標(biāo)記的發(fā)現(xiàn)

1、（真菌、動(dòng)物）線粒體基因組

⑴測(cè)序方案: 實(shí)驗(yàn)方法純化還是生信方法純化

⑵組裝方法：de novo vs. reference based

⑶注釋流程: MFAnnotator vs. FUMGA

⑷特異性標(biāo)記篩選流程

2、（植物）葉綠體基因組

⑴測(cè)序方案：實(shí)驗(yàn)方法純化還是生信方法純化

⑵組裝方法：de novo vs. reference based

⑶注釋流程：CPGAVAS vs. DOGMA

⑷特異性標(biāo)記篩選流程

六、物理圖譜和遺傳圖譜構(gòu)建新方法：原理及應(yīng)用

1、Optical Map

2、Bionano

3.reduced-representation sequencing using reduced-representation libraries (RRLs)?

4、complexity reduction of polymorphic sequences (CRoPS),

5、Restriction-site associated DNA sequencing （RAD-Seq）

報(bào)名辦法及費(fèi)用：

3900元/人含報(bào)名費(fèi)、資料費(fèi)、上機(jī)費(fèi)、證書(shū)費(fèi)用等 ，（同一單位報(bào)名5人，可以免1人費(fèi)用），食宿可統(tǒng)一安排，費(fèi)用自理。