日期

授課題目

授課內(nèi)容

第一天

生物信息學導論

1．生物信息學發(fā)展簡史（重點講解）
2．生物信息學主要研究領(lǐng)域（重點講解）
3．生物信息學軟件和工具
4．生物信息學重要會議

生物信息學基礎(chǔ)（上機操作）

1、linux基礎(chǔ)
掌握Linux系統(tǒng)下的常用命令(重點)
掌握linux環(huán)境下軟件的安裝使用
了解shell腳本的編寫
2、perl基礎(chǔ)
介紹Perl 的基本元素
Perl在生物信息中應用示例(DNA復制、DNA轉(zhuǎn)錄、RNA翻譯)

第二天

二代測序技術(shù)原理及基因組拼接

1、介紹目前主流二代測序儀的測序原理
2、主要操作流程及特點
3、序列拼接的技術(shù)方法
4、常用軟件及全基因組個性化組裝的技巧

基因組拼接組裝（以細菌/病毒為例）（上機操作）

1、全基因組組裝的流程介紹
2、原始測序數(shù)據(jù)的預處理
3、分別介紹Velvet和SOAPdenovo的使用，并以一株細菌的測序數(shù)據(jù)為例進行組裝
4、介紹Newbler的是使用，并以一個IonTorrent測序的噬菌體數(shù)據(jù)為例進行組裝
5、以細菌的數(shù)據(jù)為例,介紹填補gap的方法，包括延伸法，局部拼接法

第三天

基因組重測序與數(shù)據(jù)分析

1、講解基因組重測序的概念、目的與應用
2、結(jié)合實例講解其原理、類據(jù)類型與格式、操作流程、軟件等相關(guān)知識

基因組重測序數(shù)據(jù)分析實例（上機操作）

1、對二代測序數(shù)據(jù)的解讀
2、數(shù)據(jù)質(zhì)量控制及數(shù)據(jù)過濾
3、使用BWA和Samtools進行數(shù)據(jù)比對并對比對結(jié)果進行可視化（重點講解）
4、尋找SNP和Indel并進行注釋（重點講解）
5、尋找結(jié)構(gòu)變異并對變異進行注釋（重點講解）

第四天

轉(zhuǎn)錄組測序與數(shù)據(jù)分析

1、轉(zhuǎn)錄組基本概況和技術(shù)發(fā)展簡介
2、轉(zhuǎn)錄組技術(shù)流程及技術(shù)細節(jié)（重點講解）
3、轉(zhuǎn)錄組應用案例

轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析實例（上機操作）

1、轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)準備和軟件介紹及安裝
2、轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的比對（重點講解）
3、表達量估計和分析（重點講解）
4、后續(xù)功能分析簡介

第五天

microRNA測序與數(shù)據(jù)分析

1、microRNA目前的應用、發(fā)展歷史以及microRNA的定義
2、microRNA的生物學過程（重點講解）
3、microRNA的測序（重點講解）
4、microRNA測序數(shù)據(jù)分析軟件（重點講解）
5、microRNA目前的挑戰(zhàn)以及將來的研究前景
6、microRNA測序數(shù)據(jù)分析案例展示（重點講解）
7、近期文獻

microRNA數(shù)據(jù)分析實例（上機操作）

1、microRNA測序數(shù)據(jù)預處理（重點講解）
2、測序數(shù)據(jù)長度分布計算
3、microRNA的預測（重點講解）
4、microRNA堿基偏好性計算
5、microRNA靶標基因預測，結(jié)果提取、統(tǒng)計（重點講解）

蛋白結(jié)構(gòu)與互作分析

PyMol,Cytoscape