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授課題目

授課內(nèi)容

第一天

轉(zhuǎn)錄組學(xué)前沿概述

1.?1、轉(zhuǎn)錄組技術(shù)發(fā)展前沿動態(tài)

2.?2、轉(zhuǎn)錄組應(yīng)用案例及應(yīng)用熱點

轉(zhuǎn)錄組學(xué)實驗和分析基礎(chǔ)

1.?1、轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究的實驗技術(shù)

2.?2、轉(zhuǎn)錄組技術(shù)流程及技術(shù)細節(jié)（重點講解）

3.?3、常用的轉(zhuǎn)錄組測序建庫技術(shù)

轉(zhuǎn)錄組學(xué)中lncRNA的研究

1.?1、lncRNA目前的定義、應(yīng)用和發(fā)展

2.?2、lncRNA的生物學(xué)過程（重點講解）

3.?3、lncRNA的測序（重點講解）

4.?4、lncRNA測序數(shù)據(jù)分析案例展示（重點講解）

第二天

Linux基礎(chǔ)操作

1.?1、Linux基礎(chǔ)操作

De novo轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析上機實踐

1.?1、原始測序數(shù)據(jù)的檢測和預(yù)處理（重點講解）

2.?2、使用Trinity拼接轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)（重點講解）

3.?3、原始數(shù)據(jù)與拼接轉(zhuǎn)錄本的比對（重點講解）

4.?4、表達量統(tǒng)計和差異表達分析（重點講解）

5.?5、使用blast對轉(zhuǎn)錄本進行功能注釋（重點講解）

6.?6、尋找轉(zhuǎn)錄本的ORF，翻譯蛋白質(zhì)序列

Reference based轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析上機實踐（一）

1.?1、轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)準備和軟件介紹

2.?2、使用Tophat進行轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的比對（重點講解）

3.?3、用IGV查看比對結(jié)果

4.?4、使用cufflinks進行表達量估計和分析（重點講解）

5.?5、使用samtools檢測轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中的突變（重點講解）

6.?6、利用DAVID數(shù)據(jù)庫進行差異表達基因的功能分析（重點講解）

第三天

Reference based轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析上機實踐（二）

1.?7、利用tophat和cufflinks組合，預(yù)測轉(zhuǎn)錄本

2.?8、使用CNCI預(yù)測新的lncRNA轉(zhuǎn)錄本（重點講解）

3.?9、使用LncTar軟件預(yù)測lncRNA調(diào)控的靶基因（重點講解）

microRNA測序與數(shù)據(jù)分析（包含上機實踐）

1.?1、microRNA目前的應(yīng)用、發(fā)展歷史以及microRNA的定義

2.?2、microRNA的生物學(xué)過程（重點講解）

3.?3、microRNA的測序（重點講解）

4.?4、microRNA測序數(shù)據(jù)分析軟件（重點講解）

5.?5、microRNA測序數(shù)據(jù)預(yù)處理（重點講解）

6.?6、microRNA的預(yù)測（重點講解）

7.?7、microRNA靶標基因預(yù)測，結(jié)果提取、統(tǒng)計（重點講解）