日期

授課題目

授課內(nèi)容

第

一

天

轉(zhuǎn)錄組學(xué)前沿概述

1.?1、轉(zhuǎn)錄組技術(shù)發(fā)展前沿動(dòng)態(tài)

2.?2、轉(zhuǎn)錄組應(yīng)用案例及應(yīng)用熱點(diǎn)

轉(zhuǎn)錄組學(xué)實(shí)驗(yàn)和分析基礎(chǔ)

1.?1、轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究的實(shí)驗(yàn)技術(shù)

2.?2、轉(zhuǎn)錄組技術(shù)流程及技術(shù)細(xì)節(jié)（重點(diǎn)講解）

3.?3、常用的轉(zhuǎn)錄組測序建庫技術(shù)

轉(zhuǎn)錄組學(xué)中l(wèi)ncRNA的研究

1.?1、lncRNA目前的定義、應(yīng)用和發(fā)展

2.?2、lncRNA的生物學(xué)過程（重點(diǎn)講解）

3.?3、lncRNA的測序（重點(diǎn)講解）

4.?4、lncRNA測序數(shù)據(jù)分析案例展示（重點(diǎn)講解）

第

二

天

Linux基礎(chǔ)操作

1.?1、Linux基礎(chǔ)操作

De novo轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析上機(jī)實(shí)踐

1.?1、原始測序數(shù)據(jù)的檢測和預(yù)處理（重點(diǎn)講解）

2.?2、使用Trinity拼接轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)（重點(diǎn)講解）

3.?3、原始數(shù)據(jù)與拼接轉(zhuǎn)錄本的比對（重點(diǎn)講解）

4.?4、表達(dá)量統(tǒng)計(jì)和差異表達(dá)分析（重點(diǎn)講解）

5.?5、使用blast對轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行功能注釋（重點(diǎn)講解）

6.?6、尋找轉(zhuǎn)錄本的ORF，翻譯蛋白質(zhì)序列

Reference based轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析上機(jī)實(shí)踐（一）

1.?1、轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)準(zhǔn)備和軟件介紹

2.?2、使用Tophat進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的比對（重點(diǎn)講解）

3.?3、用IGV查看比對結(jié)果

4.?4、使用cufflinks進(jìn)行表達(dá)量估計(jì)和分析（重點(diǎn)講解）

5.?5、使用samtools檢測轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中的突變（重點(diǎn)講解）

6.?6、利用DAVID數(shù)據(jù)庫進(jìn)行差異表達(dá)基因的功能分析（重點(diǎn)講解）

第

三

天

Reference based轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析上機(jī)實(shí)踐（二）

1.?7、利用tophat和cufflinks組合，預(yù)測轉(zhuǎn)錄本

2.?8、使用CNCI預(yù)測新的lncRNA轉(zhuǎn)錄本（重點(diǎn)講解）

3.?9、使用LncTar軟件預(yù)測lncRNA調(diào)控的靶基因（重點(diǎn)講解）

microRNA測序與數(shù)據(jù)分析（包含上機(jī)實(shí)踐）

1.?1、microRNA目前的應(yīng)用、發(fā)展歷史以及microRNA的定義

2.?2、microRNA的生物學(xué)過程（重點(diǎn)講解）

3.?3、microRNA的測序（重點(diǎn)講解）

4.?4、microRNA測序數(shù)據(jù)分析軟件（重點(diǎn)講解）

5.?5、microRNA測序數(shù)據(jù)預(yù)處理（重點(diǎn)講解）

6.?6、microRNA的預(yù)測（重點(diǎn)講解）

7.?7、microRNA靶標(biāo)基因預(yù)測，結(jié)果提取、統(tǒng)計(jì)（重點(diǎn)講解）