2019分子模擬與蛋白互作研習(xí)班（3月北京班）
時(shí)間：2019-03-04 09:30 至 2019-03-06 17:00
地點(diǎn)：北京
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首頁(yè) > 商務(wù)會(huì)議 > 醫(yī)療醫(yī)學(xué)會(huì)議 > 2019分子模擬與蛋白互作研習(xí)班（3月北京班） 更新時(shí)間：2018-12-27T17:58:01
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2019分子模擬與蛋白互作研習(xí)班（3月北京班） 已截止報(bào)名會(huì)議時(shí)間： 2019-03-04 09:30至 2019-03-06 17:00結(jié)束 會(huì)議地點(diǎn)： 北京 北京市計(jì)算中心 海淀區(qū)豐賢中路7號(hào) 周邊酒店預(yù)訂 主辦單位： 中國(guó)生物工程學(xué)會(huì)計(jì)算生物學(xué)與生物信息學(xué)專委會(huì) |
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會(huì)議介紹
會(huì)議內(nèi)容 主辦方介紹
2019分子模擬與蛋白互作研習(xí)班（3月北京班）宣傳圖
蛋白質(zhì)組學(xué)是研究生命科學(xué)現(xiàn)象與科學(xué)規(guī)律的重要途徑，在各個(gè)研究領(lǐng)域都有廣泛應(yīng)用。有許多蛋白質(zhì)相關(guān)的數(shù)據(jù)庫(kù)資源及生物信息學(xué)分析工具，在研究蛋白質(zhì)的鑒定、結(jié)構(gòu)分析與模擬、蛋白與核酸相互作用、與蛋白-蛋白相互作用、分子對(duì)接，乃至分子相互作用網(wǎng)絡(luò)等各個(gè)層面為科學(xué)研究提供助力。為進(jìn)一步推進(jìn)相關(guān)研究發(fā)展，助力廣大科研工作者提高蛋白質(zhì)組學(xué)相關(guān)數(shù)據(jù)分析及生物信息學(xué)技能，北京市計(jì)算中心生物計(jì)算事業(yè)部推出“蛋白質(zhì)組學(xué)及分子模擬”研習(xí)班。歡迎您參加！?
主辦單位：中國(guó)生物工程學(xué)會(huì)計(jì)算生物學(xué)與生物信息學(xué)專委會(huì)?
承辦單位：北京市計(jì)算中心?
協(xié)辦單位：云計(jì)算關(guān)鍵技術(shù)與應(yīng)用北京市重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、中國(guó)醫(yī)藥生物技術(shù)學(xué)會(huì)生物醫(yī)學(xué)信息技術(shù)分會(huì)、北京市基因測(cè)序與功能分析工程技術(shù)研究中心、中國(guó)生物工程雜志、北京唐唐天下生物醫(yī)學(xué)信息科技有限公司、深圳微生太科技有限公司、北京依托華茂生物科技有限公司?
培訓(xùn)地點(diǎn)：北京海淀區(qū)豐賢中路7號(hào)3號(hào)樓，北京市計(jì)算中心三層會(huì)議室?
培訓(xùn)時(shí)間：?2019.3.4-6?上午：9：30-12：00?? 下午：13：30–17：00
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中國(guó)生物工程學(xué)會(huì)計(jì)算生物學(xué)與生物信息學(xué)專委會(huì)
中國(guó)生物工程學(xué)會(huì)（Chinese Society of Biotechnology，CSBT）成立于1993年，首任理事長(zhǎng)：談家楨院士，現(xiàn)任理事長(zhǎng)：高福院士。中國(guó)生物工程學(xué)會(huì)成立以來(lái)，主辦、承辦、協(xié)辦了多個(gè)國(guó)際、國(guó)內(nèi)學(xué)術(shù)交流活動(dòng)，為促進(jìn)生物技術(shù)與生物產(chǎn)業(yè)發(fā)展、提高國(guó)民素質(zhì)、促進(jìn)經(jīng)濟(jì)和社會(huì)發(fā)展等方面發(fā)揮了重要作用。
會(huì)議日程
（最終日程以會(huì)議現(xiàn)場(chǎng)為準(zhǔn)）
| 日期 | 時(shí)間 | 課程名稱 | 課程內(nèi)容 |
第一天 | 09:30-11:00 | 生物分子互作簡(jiǎn)介 | 1. 生物分子互作原理? |
11:00-12:00 | 蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù) | 1. RCSB PDB數(shù)據(jù)庫(kù)介紹及使用? | |
午餐、午休 | |||
13:30-15:00 | 蛋白結(jié)構(gòu)分析 | 1. 分子互作可視化軟件Pymol、Chimera介紹? | |
15:00-17:00 | 同源建模? | 1. 同源建模原理介紹? | |
核酸三維結(jié)構(gòu)獲取 | 1. 核酸結(jié)構(gòu)理化性質(zhì)概論? | ||
化學(xué)小分子結(jié)構(gòu)獲取 | 1. ChemDraw等化學(xué)專業(yè)構(gòu)圖軟件介紹? | ||
第二天 | 09:30-12:00 | 分子對(duì)接? | 1. 分子對(duì)接理論介紹? |
午餐、午休 | |||
13:30-15:30 | 蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)對(duì)接 | 1. 大分子對(duì)接現(xiàn)狀分析? | |
蛋白質(zhì)-核酸對(duì)接 | |||
15:30-14:00 | 虛擬篩選? | 1. 計(jì)算機(jī)輔助虛擬篩選介紹? | |
第三天 | 09:30-12:00 | 藥物先導(dǎo)化合物設(shè)計(jì)與改造 | 1. 結(jié)構(gòu)上闡述：藥物耐藥性機(jī)理? |
午餐、午休 | |||
13:30-16:00 | 文章作圖? | 1. 挑選最新Cell、Nature、Science、PNAS等高端雜志論文，進(jìn)行生物計(jì)算論文思路闡述；? | |
16:00~17:00 | 聽課老師們?cè)谧鲰?xiàng)目探討解疑 | ||
培訓(xùn)具體內(nèi)容如下（包括但不局限于此）：
北京市計(jì)算中心·生物計(jì)算事業(yè)部培訓(xùn)內(nèi)容
生物分子結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與優(yōu)化
該部分主要包含對(duì)蛋白質(zhì)和小分子結(jié)構(gòu)的構(gòu)建與優(yōu)化。對(duì)于未知結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)分子，在已知基因或氨基酸序列基礎(chǔ)上，通過(guò)同源建模方法進(jìn)行結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)和同源構(gòu)建。隨后在建模蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)基礎(chǔ)之上，利用動(dòng)力學(xué)軟件進(jìn)行分子動(dòng)力學(xué)模擬，以得到其最優(yōu)結(jié)構(gòu)模式。
| Modeller |
圖1 蛋白質(zhì)同源建模與相關(guān)軟件 | |
?????? 通過(guò)經(jīng)典化學(xué)構(gòu)圖方法對(duì)小分子化合物進(jìn)行結(jié)構(gòu)構(gòu)建，并采用量化軟件（Gaussian，ORCA等）計(jì)算分子電荷分布、分子軌道和反應(yīng)活化能等對(duì)其進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化。
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圖2 小分子模型構(gòu)建 |
生物分子間作用機(jī)理研究
生物分子間作用研究步驟，主要包含生物分子（蛋白－蛋白，蛋白－核酸和蛋白－配體）間相互作用模式。在獲悉生物分子間作用模式前，首先對(duì)蛋白質(zhì)進(jìn)行活性口袋鑒定，而后利用對(duì)接軟件進(jìn)行分子間對(duì)接，并基于動(dòng)力學(xué)軟件進(jìn)行動(dòng)態(tài)模擬，通過(guò)分析相互作用模式和分子間相互作用能等來(lái)鑒定分子間作用機(jī)理。
- 分子對(duì)接
分子對(duì)接是分子模擬的重要方法之一，其本質(zhì)是兩個(gè)或多個(gè)分子間的識(shí)別過(guò)程，涉及分子之間的空間匹配和能量打分，根據(jù)能量排名最終得到分子間的初步最優(yōu)結(jié)構(gòu)和結(jié)合模式。?
“蛋白-配體”間對(duì)接軟件繁雜，本中心已有軟件主要包括Autodock，Vina，Dock等等。
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圖3-1 蛋白-配體分子對(duì)接? |
目前針對(duì)“蛋白-蛋白”與“蛋白-核酸”分子間的對(duì)接軟件較少，最常用的為Rosetta。
  圖4 蛋白-核酸分子對(duì)接分析 |
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- 分子動(dòng)力學(xué)模擬
本中心目前擁有AMBER，GROMACS和NAMD等分子動(dòng)力學(xué)軟件，依托本中心計(jì)算資源，短時(shí)間內(nèi)可進(jìn)行100ns時(shí)間跨度動(dòng)力學(xué)模擬。通過(guò)對(duì)模擬軌跡進(jìn)行聚簇等分析，可獲得分子間各狀態(tài)相對(duì)穩(wěn)定構(gòu)型，并通過(guò)分析分子間相互作用模式和相互作用能等來(lái)鑒定分子間作用機(jī)理。
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藥物先導(dǎo)化合物篩選、結(jié)構(gòu)修飾與優(yōu)化??
隨著科技的發(fā)展，當(dāng)前已經(jīng)擁有龐大的生物分子數(shù)據(jù)庫(kù)以及各種各樣的藥物分子數(shù)據(jù)庫(kù)，而傳統(tǒng)的實(shí)驗(yàn)手段已經(jīng)難以從龐大的數(shù)據(jù)庫(kù)中快速的篩選出符合特定需求的分子體系。目前我們已經(jīng)可以通過(guò)分析確定藥物的作用機(jī)制，并在此基礎(chǔ)上通過(guò)計(jì)算機(jī)模擬篩選的方式快速的篩選出符合特定條件的一系列分子，從而大大的加快分子篩選過(guò)程。
  圖7通過(guò)分子對(duì)接和分子動(dòng)力學(xué)模擬的手段來(lái)篩選所需要的分子 |
Cell、Nature、Science、PNAS發(fā)表文獻(xiàn)實(shí)例講解（舉例）?
隨著計(jì)算生物學(xué)的發(fā)展，目前該學(xué)科已經(jīng)被廣泛認(rèn)可。其中Cell、Nature、Science、PNAS、JMC等頂尖雜志中作圖出現(xiàn)頻率越來(lái)約為廣泛，我們將挑選文獻(xiàn)中相關(guān)圖形、表格，對(duì)整個(gè)文獻(xiàn)思路進(jìn)行闡述，并遵照文獻(xiàn)中作圖進(jìn)行原圖呈現(xiàn)，案例如下：?
（1）基因序列突變引發(fā)對(duì)應(yīng)蛋白三維結(jié)構(gòu)變化狀況分析；?
（2）小分子結(jié)合位點(diǎn)相互作用體系變化分析；?
（3）文獻(xiàn)作圖實(shí)例操作。
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會(huì)議嘉賓
參會(huì)指南
會(huì)議門票 場(chǎng)館介紹
【報(bào)名費(fèi)用】?
培訓(xùn)費(fèi)：4000元，（含聽課費(fèi)、資料費(fèi)、上機(jī)費(fèi)，請(qǐng)自帶筆記本電腦以備上機(jī)實(shí)踐使用）； 教材：《高通量測(cè)序與高性能計(jì)算理論和實(shí)踐》北京科學(xué)技術(shù)出版社； 附近最近酒店為：如家酒店（永豐店），可自行網(wǎng)上預(yù)定，食宿自理。?
【報(bào)名優(yōu)惠政策】?
1、2.19日前報(bào)名并繳費(fèi)可優(yōu)惠200元；?
2、3人以上團(tuán)體報(bào)名每人可減少300元；?
3、4+1團(tuán)報(bào)，可免費(fèi)贈(zèng)送一個(gè)名額；?
以上優(yōu)惠政策不能同時(shí)享受，只能享受其中一種。?
培訓(xùn)以收到學(xué)員培訓(xùn)費(fèi)為成功報(bào)名，培訓(xùn)座位按收到費(fèi)用先后順序安排.?
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北京市計(jì)算中心
北京市計(jì)算中心建立于一九七三年，是國(guó)內(nèi)最早一批計(jì)算中心之一，是中國(guó)最早、最具影響力的從事計(jì)算機(jī)應(yīng)用技術(shù)研究及推廣的機(jī)構(gòu)，服務(wù)對(duì)象則涉及工業(yè)、商業(yè)、交通、能源、環(huán)保金融、稅務(wù)、社會(huì)事務(wù)等多個(gè)領(lǐng)域。北京市計(jì)算中心自成立以來(lái)，完成了上百項(xiàng)國(guó)家和北京市政府有關(guān)部門委托的研究項(xiàng)目和面向多種用戶的服務(wù)型項(xiàng)目。先后獲得國(guó)家及省部級(jí)成果獎(jiǎng)30多項(xiàng)、，擁有了200余項(xiàng)國(guó)際國(guó)內(nèi)領(lǐng)先的技術(shù)和產(chǎn)品，為中國(guó)計(jì)算機(jī)的普及、應(yīng)用和發(fā)展做出了杰出貢獻(xiàn)
溫馨提示
酒店與住宿:
為防止極端情況下活動(dòng)延期或取消，建議“異地客戶”與活動(dòng)家客服確認(rèn)參會(huì)信息后，再安排出行與住宿。
退款規(guī)則:
活動(dòng)各項(xiàng)資源需提前采購(gòu)，購(gòu)票后不支持退款，可以換人參加。
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