蛋白質(zhì)組學(xué)是研究生命科學(xué)現(xiàn)象與科學(xué)規(guī)律的重要途徑，在各個(gè)研究領(lǐng)域都有廣泛應(yīng)用。

有許多蛋白質(zhì)相關(guān)的數(shù)據(jù)庫(kù)資源及生物信息學(xué)分析工具，在研究蛋白質(zhì)的鑒定、結(jié)構(gòu)分析與模擬、蛋白與核酸相互作用、與蛋白-蛋白相互作用、分子對(duì)接，乃至分子相互作用網(wǎng)絡(luò)等各個(gè)層面為科學(xué)研究提供助力。

為進(jìn)一步推進(jìn)相關(guān)研究發(fā)展，助力廣大科研工作者提高蛋白質(zhì)組學(xué)相關(guān)數(shù)據(jù)分析及生物信息學(xué)技能，

北京市計(jì)算中心生物計(jì)算事業(yè)部推出“蛋白質(zhì)組學(xué)及分子模擬”研習(xí)班。歡迎您參加！?

【主辦單位】

中國(guó)生物工程學(xué)會(huì)計(jì)算生物學(xué)與生物信息學(xué)專(zhuān)委會(huì)?

【承辦單位】

北京市計(jì)算中心?

【協(xié)辦單位】

云計(jì)算關(guān)鍵技術(shù)與應(yīng)用北京市重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室?

中國(guó)醫(yī)藥生物技術(shù)學(xué)會(huì)生物醫(yī)學(xué)信息技術(shù)分會(huì)?

北京市基因測(cè)序與功能分析工程技術(shù)研究中心?

中國(guó)生物工程雜志?

北京唐唐天下生物醫(yī)學(xué)信息科技有限公司

北京微生太科技有限公司

北京依托華茂生物科技有限公司

【培訓(xùn)地點(diǎn)】

北京海淀區(qū)豐賢中路7號(hào)3號(hào)樓，北京市計(jì)算中心三層會(huì)議室?

【培訓(xùn)時(shí)間】

2018年9月14日-16日??上午：9：30-12：00?下午：1：30–5：00

北京市計(jì)算中心·生物計(jì)算事業(yè)部培訓(xùn)內(nèi)容

生物分子結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與優(yōu)化

該部分主要包含對(duì)蛋白質(zhì)和小分子結(jié)構(gòu)的構(gòu)建與優(yōu)化。對(duì)于未知結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)分子，在已知基因或氨基酸序列基礎(chǔ)上，通過(guò)同源建模方法進(jìn)行結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)和同源構(gòu)建。隨后在建模蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)基礎(chǔ)之上，利用動(dòng)力學(xué)軟件進(jìn)行分子動(dòng)力學(xué)模擬，以得到其最優(yōu)結(jié)構(gòu)模式。

通過(guò)經(jīng)典化學(xué)構(gòu)圖方法對(duì)小分子化合物進(jìn)行結(jié)構(gòu)構(gòu)建，并采用量化軟件（Gaussian，ORCA等）計(jì)算分子電荷分布、分子軌道和反應(yīng)活化能等對(duì)其進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化。

生物分子間作用機(jī)理研究

生物分子間作用研究步驟，主要包含生物分子（蛋白－蛋白，蛋白－核酸和蛋白－配體）間相互作用模式。在獲悉生物分子間作用模式前，首先對(duì)蛋白質(zhì)進(jìn)行活性口袋鑒定，而后利用對(duì)接軟件進(jìn)行分子間對(duì)接，并基于動(dòng)力學(xué)軟件進(jìn)行動(dòng)態(tài)模擬，通過(guò)分析相互作用模式和分子間相互作用能等來(lái)鑒定分子間作用機(jī)理。

1. 分子對(duì)接

分子對(duì)接是分子模擬的重要方法之一，其本質(zhì)是兩個(gè)或多個(gè)分子間的識(shí)別過(guò)程，涉及分子之間的空間匹配和能量打分，根據(jù)能量排名最終得到分子間的初步最優(yōu)結(jié)構(gòu)和結(jié)合模式。?
“蛋白-配體”間對(duì)接軟件繁雜，本中心已有軟件主要包括Autodock，Vina，Dock等等。

圖3-1 蛋白-配體分子對(duì)接? 圖3-2 蛋白-配體分子對(duì)接結(jié)果分析

目前針對(duì)“蛋白-蛋白”與“蛋白-核酸”分子間的對(duì)接軟件較少，最常用的為Rosetta。

圖4 蛋白-核酸分子對(duì)接分析

圖5 蛋白-蛋白大分子對(duì)接與分析

1.分子動(dòng)力學(xué)模擬

本中心目前擁有AMBER，GROMACS和NAMD等分子動(dòng)力學(xué)軟件，依托本中心計(jì)算資源，短時(shí)間內(nèi)可進(jìn)行100ns時(shí)間跨度動(dòng)力學(xué)模擬。通過(guò)對(duì)模擬軌跡進(jìn)行聚簇等分析，可獲得分子間各狀態(tài)相對(duì)穩(wěn)定構(gòu)型，并通過(guò)分析分子間相互作用模式和相互作用能等來(lái)鑒定分子間作用機(jī)理。

圖6 分子動(dòng)力學(xué)模擬與分析

藥物先導(dǎo)化合物篩選、結(jié)構(gòu)修飾與優(yōu)化??

隨著科技的發(fā)展，當(dāng)前已經(jīng)擁有龐大的生物分子數(shù)據(jù)庫(kù)以及各種各樣的藥物分子數(shù)據(jù)庫(kù)，而傳統(tǒng)的實(shí)驗(yàn)手段已經(jīng)難以從龐大的數(shù)據(jù)庫(kù)中快速的篩選出符合特定需求的分子體系。目前我們已經(jīng)可以通過(guò)分析確定藥物的作用機(jī)制，并在此基礎(chǔ)上通過(guò)計(jì)算機(jī)模擬篩選的方式快速的篩選出符合特定條件的一系列分子，從而大大的加快分子篩選過(guò)程。

圖7通過(guò)分子對(duì)接和分子動(dòng)力學(xué)模擬的手段來(lái)篩選所需要的分子

Cell、Nature、Science、PNAS發(fā)表文獻(xiàn)實(shí)例講解（舉例）?

隨著計(jì)算生物學(xué)的發(fā)展，目前該學(xué)科已經(jīng)被廣泛認(rèn)可。其中Cell、Nature、Science、PNAS、JMC等頂尖雜志中作圖出現(xiàn)頻率越來(lái)約為廣泛，我們將挑選文獻(xiàn)中相關(guān)圖形、表格，對(duì)整個(gè)文獻(xiàn)思路進(jìn)行闡述，并遵照文獻(xiàn)中作圖進(jìn)行原圖呈現(xiàn)，案例如下：?
（1）基因序列突變引發(fā)對(duì)應(yīng)蛋白三維結(jié)構(gòu)變化狀況分析；?
（2）小分子結(jié)合位點(diǎn)相互作用體系變化分析；?
（3）文獻(xiàn)作圖實(shí)例操作。

【特色】真正實(shí)戰(zhàn)經(jīng)驗(yàn)豐富的一線專(zhuān)業(yè)團(tuán)隊(duì)，與您一起交流、學(xué)習(xí)、探討您工作中實(shí)際遇到和將要面對(duì)的問(wèn)題。?

【報(bào)名費(fèi)用】?
培訓(xùn)費(fèi)4000元，（含聽(tīng)課費(fèi)、資料費(fèi)、上機(jī)費(fèi)，請(qǐng)自帶筆記本電腦以備上機(jī)實(shí)踐使用）； 教材：《高通量測(cè)序與高性能計(jì)算理論和實(shí)踐》北京科學(xué)技術(shù)出版社； 附近最近酒店為：如家酒店（永豐店），可自行網(wǎng)上預(yù)定，食宿自理。?
【報(bào)名優(yōu)惠政策】?
1、8.10日前報(bào)名并繳費(fèi)可優(yōu)惠200元；?
2、3人以上團(tuán)體報(bào)名每人可減少300元；?
3、4+1團(tuán)報(bào)，可免費(fèi)贈(zèng)送一個(gè)名額；?

以上優(yōu)惠政策不能同時(shí)享受，只能享受其中一種。?

培訓(xùn)以收到學(xué)員培訓(xùn)費(fèi)為成功報(bào)名，培訓(xùn)座位按收到費(fèi)用先后順序安排.?

注：培訓(xùn)前一周前后，會(huì)有郵件/電話通知開(kāi)班與否；如未收到，請(qǐng)電話聯(lián)系確認(rèn)。

2018基于多組學(xué)的慢性疾病研究研討班09.17-09.21

2018第三代測(cè)序技術(shù)及信息分析研討班09.07-09.09

2018數(shù)據(jù)分析與R語(yǔ)言制圖專(zhuān)題研討班09.03-09.06

2018宏基因組分析專(zhuān)題研討班09.01-09.02