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由中國人民大學(xué)數(shù)學(xué)科學(xué)研究院主辦的2015生物信息學(xué)與計算生物學(xué)大會于2015-11-28在中國人民大學(xué)舉辦。
蘇計國,燕山大學(xué)副教授。主要研究方向是蛋白質(zhì)折疊機理及蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)-功能關(guān)系研究,為蛋白質(zhì)功能改造及合理的藥物設(shè)計提供理論基礎(chǔ)。近年來,基于統(tǒng)計物理學(xué)理論,發(fā)展了一系列有效的簡化模型和理論方法,成功應(yīng)用于蛋白質(zhì)折疊及蛋白質(zhì)變構(gòu)機制研究,深入探討了蛋白質(zhì)拓撲結(jié)構(gòu)及其動力學(xué)特性與蛋白質(zhì)折疊和蛋白質(zhì)功能之間的內(nèi)在關(guān)系。主要研究工作有:1.基于彈性網(wǎng)絡(luò)模型,通過模擬計算和統(tǒng)計分析,揭示了蛋白質(zhì)拓撲結(jié)構(gòu)本身所固有的動力學(xué)特性對其去折疊過程的重要影響。在此基礎(chǔ)上,根據(jù)統(tǒng)計物理學(xué)理論,發(fā)展了一種迭代的彈性網(wǎng)絡(luò)方法,把蛋白質(zhì)去折疊過程簡化為一個緩慢升溫下的準(zhǔn)平衡過程,去折疊過程的每一步體系的熵增最大。所提出的理論方法能夠很好地預(yù)測蛋白質(zhì)去折疊過程。2.根據(jù)統(tǒng)計熱力學(xué)理論,提出了一種熱力學(xué)微擾方法,成功應(yīng)用于蛋白質(zhì)構(gòu)象轉(zhuǎn)變中關(guān)鍵殘基的識別研究。該方法對蛋白質(zhì)體系內(nèi)的每一個殘基進行微擾,能夠顯著改變蛋白質(zhì)構(gòu)象轉(zhuǎn)變前后自由能差的殘基認(rèn)為是構(gòu)象轉(zhuǎn)變中的關(guān)鍵殘基。所提出的方法理論嚴(yán)密、計算速度快,并且能夠特異性地考慮同一蛋白質(zhì)體系不同的變構(gòu)過程。3. 基于彈性網(wǎng)絡(luò)模型,提出了一種有效的熱力學(xué)方法,識別蛋白質(zhì)表面的變構(gòu)位點,為基于結(jié)構(gòu)的藥物設(shè)計提供有價值的生物學(xué)信息。該方法通過計算蛋白質(zhì)表面不同部位與活性位點之間的熱力學(xué)耦合效應(yīng)來識別變構(gòu)位點,預(yù)測結(jié)果與實驗?zāi)軌蚝芎玫奈呛稀?. 把靜電相互作用加入到Gō模型中,對傳統(tǒng)的Gō模型進行了改進,開發(fā)了相關(guān)模擬程序包,利用所改進的模型很好地揭示了靜電相互作用對冷休克蛋白熱穩(wěn)定性和折疊動力學(xué)的影響。5. 基于相對熵理論和氨基酸HNP模型,對課題組其他研究者所開發(fā)的蛋白質(zhì)折疊和蛋白質(zhì)設(shè)計程序包進行了改進和發(fā)展,進行了小蛋白的結(jié)構(gòu)預(yù)測和序列設(shè)計研究,預(yù)測結(jié)果與實驗?zāi)軌蚝芎玫奈呛?。基于?fù)雜網(wǎng)絡(luò)模型,研究了蛋白質(zhì)氨基酸網(wǎng)絡(luò)的結(jié)構(gòu)特征,通過網(wǎng)絡(luò)拓撲參量的分析,研究了蛋白質(zhì)拓撲結(jié)構(gòu)對蛋白質(zhì)折疊的影響。
蘇計國出席會議日程
由中國人民大學(xué)數(shù)學(xué)科學(xué)研究院主辦的2015生物信息學(xué)與計算生物學(xué)大會于2015-11-28在中國人民大學(xué)舉辦。