TCGA&GEO生信高通量數(shù)據(jù)挖掘分析研討會(huì)2019（12月上海班）
時(shí)間：2019-12-27 08:00 至 2019-12-29 18:00
地點(diǎn)：上海
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TCGA&GEO生信高通量數(shù)據(jù)挖掘分析研討會(huì)2019（12月上海班） 已截止報(bào)名會(huì)議時(shí)間： 2019-12-27 08:00至 2019-12-29 18:00結(jié)束 會(huì)議地點(diǎn)： 上海 上海浦東中興和泰酒店 浦東新區(qū)科苑路866號(hào) 周邊酒店預(yù)訂 |
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會(huì)議介紹
會(huì)議內(nèi)容 主辦方介紹
TCGA&GEO生信高通量數(shù)據(jù)挖掘分析研討會(huì)2019（12月上海班）宣傳圖
背景簡(jiǎn)介：
2019年度國(guó)家自然基金醫(yī)學(xué)科學(xué)部共批資助10138項(xiàng)目，批助金額總計(jì)441310萬(wàn)元。其中面上項(xiàng)目數(shù)量占45%，金額占57%；青年科學(xué)基金項(xiàng)目數(shù)量占43%，金額占20%。
初步統(tǒng)計(jì)，這些項(xiàng)目中大部分都與編碼基因有直接或間接的關(guān)聯(lián)。其中，與通路（pathway）關(guān)聯(lián)的有1349項(xiàng)，金額4.89億；與miRNA相關(guān)的有630項(xiàng)，金額2.3億；與lncRNA相關(guān)的有395項(xiàng)，金額1.45億；?
如何獲得有創(chuàng)新意義的疾病靶標(biāo)基因（mRNA，Protein，lncRNA，circRNA，miRNA，Mutation等）是項(xiàng)目申請(qǐng)及文章寫(xiě)作時(shí)最常見(jiàn)的問(wèn)題?；谶@個(gè)目的，我們開(kāi)展了該培訓(xùn)班：TCGA&GEO高通量數(shù)據(jù)挖掘。
癌癥是臨床醫(yī)學(xué)中非常重要的疾病方向。TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中包含了常見(jiàn)了40種癌癥方向（含30000個(gè)樣本）的高通量數(shù)據(jù)及臨床信息。大家對(duì)TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)的使用近幾年也在逐漸增加！另外，其他疾病的研究可以通過(guò)GEO數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行。
項(xiàng)目類(lèi)型 | 題目 | 金額/萬(wàn)元 |
重點(diǎn)項(xiàng)目 | FXYD3介導(dǎo)的信號(hào)網(wǎng)絡(luò)對(duì)腸道黏膜免疫穩(wěn)態(tài)的調(diào)控研究 | 300 |
重點(diǎn)項(xiàng)目 | 基于蛋白-蛋白相互作用精準(zhǔn)調(diào)節(jié)轉(zhuǎn)錄因子Nrf2活性及探索其作為肝細(xì)胞癌治療的新靶標(biāo) | 298 |
重點(diǎn)項(xiàng)目 | miR-23b/24-1簇防治燒傷后膿毒癥所致MODS的系統(tǒng)研究 | 297 |
面上項(xiàng)目 | LZTR1基因突變導(dǎo)致的RAS/MAPK通路過(guò)度激活以及Noonan綜合征相關(guān)肥厚型心肌病的機(jī)制研究 | 60 |
面上項(xiàng)目 | SUGP2基因及其突變?cè)谶z傳性血色病中的致病作用及其機(jī)制研究 | 60 |
面上項(xiàng)目 | WDR73基因突變?cè)贕alloway-Mowat綜合征中的致病機(jī)制研究 | 60 |
面上項(xiàng)目 | STAG2通過(guò)ERK/AKT/GSK3β/c-Myc反饋通路調(diào)節(jié)甲狀腺癌谷氨酰胺代謝的機(jī)制研究 | 60 |
面上項(xiàng)目 | LncRNA FOXF1靶向調(diào)控動(dòng)力相關(guān)蛋白1表達(dá)在缺氧誘發(fā)肺動(dòng)脈內(nèi)皮細(xì)胞焦亡中的作用及分子機(jī)制 | 55 |
會(huì)議預(yù)期：
通過(guò)三天的學(xué)習(xí)，我們了解生信分析思路對(duì)項(xiàng)目及文章的幫助，以及實(shí)操常見(jiàn)的數(shù)據(jù)庫(kù)、在線工具和本地軟件。使得學(xué)員可以自己完成一個(gè)完整的分析報(bào)告并獲得疾病相關(guān)的靶標(biāo)基因。
主辦方：上海遐永醫(yī)藥科技有限公司
會(huì)議時(shí)間：2019年12月27-29日（三天），26日可報(bào)到（下午3點(diǎn)-晚上9點(diǎn)）
上課時(shí)間：上午9：00-12：00，下午1：30-6：00
會(huì)議地點(diǎn)：中興和泰酒店??上海市浦東新區(qū)科苑路866號(hào)
推薦住宿中興和泰酒店，普通房400元，豪華房500房 住宿自理
通過(guò)本次學(xué)習(xí)，您可以學(xué)會(huì)以下作圖（包括但不限于）
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南京巴傲得生物科技有限公司(Biogottechnology,co,Ltd），是專(zhuān)一服務(wù)于生命科學(xué)研究的專(zhuān)業(yè)技術(shù)型企業(yè)。是一大批志同道合的資深專(zhuān)業(yè)人士共同創(chuàng)辦的具有現(xiàn)代化經(jīng)營(yíng)管理水平的生物高科技企業(yè)，從事生物技術(shù)產(chǎn)品的開(kāi)發(fā)及銷(xiāo)售，致力于將巴傲得生物打造成中國(guó)乃至世界一流的生物技術(shù)產(chǎn)品供應(yīng)商。巴傲得生物長(zhǎng)期備有Bioworld抗體現(xiàn)貨4000多種抗體可以在一周左右送到客戶的手里。精湛品質(zhì)、合理價(jià)格、專(zhuān)業(yè)服務(wù)，是我們?yōu)槟?wù)的宗旨。在細(xì)胞信號(hào)通路、免疫學(xué)、蛋白組學(xué)上擁有顯著優(yōu)勢(shì)，其抗體產(chǎn)品、生長(zhǎng)因子等為生命科學(xué)科研工作者提供了極大的便利。
醫(yī)藥加科研培訓(xùn)中心
舉辦了2018腸道菌群與代謝組學(xué)國(guó)自然課題設(shè)計(jì)及研究策略專(zhuān)題會(huì)議（12月北京班） 2019臨床預(yù)測(cè)模型構(gòu)建與基于R語(yǔ)言統(tǒng)計(jì)分析學(xué)習(xí)班（01.05-01.06北京班） 2019全國(guó)循證醫(yī)學(xué)Meta分析及網(wǎng)狀Meta三天精講學(xué)習(xí)班（1月北京班） 第10期測(cè)序與芯片高通量數(shù)據(jù)挖掘與分析學(xué)習(xí)班2019（1月上海班） 2019腸道菌群與代謝組學(xué)國(guó)自然課題設(shè)計(jì)及研究策略專(zhuān)題會(huì)議（1月上海班） 2019國(guó)自然基金標(biāo)書(shū)構(gòu)思與撰寫(xiě)學(xué)習(xí)班（1月上海班） TCGA,GEO生信高通量數(shù)據(jù)挖掘?qū)ｎ}學(xué)習(xí)班2019（1月上海班） 第8期醫(yī)學(xué)SCI論文寫(xiě)作及發(fā)表技巧學(xué)習(xí)班2019（1月上海班） ......
上海遐錦生物科技有限公司
上海遐錦生物科技有限公司于2019年11月29日舉辦全國(guó)循證醫(yī)學(xué)Meta分析與網(wǎng)狀Meta研討會(huì)2019（11月上海班）會(huì)議。
會(huì)議日程
（最終日程以會(huì)議現(xiàn)場(chǎng)為準(zhǔn)）
TCGA&GEO高通量數(shù)據(jù)挖掘分析實(shí)操?gòu)?qiáng)化研討會(huì) | |||
時(shí)間安排 | 課程表 | 介紹 | |
第一天 | 9:00~10:30 | 生信簡(jiǎn)介 | 生物信息介紹 |
高通量：測(cè)序及芯片介紹——不同組學(xué)：轉(zhuǎn)錄組學(xué)、基因組學(xué)、表觀組學(xué)、 順?lè)唇M學(xué)、宏基因組學(xué)等。 | |||
經(jīng)典生信SCI文章的解讀，了解TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)、 GEO 數(shù)據(jù)庫(kù)這些公共數(shù)據(jù)的挖掘獲得創(chuàng)新結(jié)論并發(fā)文章的思路。 | |||
10:45-12:00 | TCGA數(shù)據(jù)庫(kù) NCBI GEO數(shù)據(jù)庫(kù) | TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)：最全的癌癥高通量數(shù)據(jù)公共庫(kù)(簡(jiǎn)介) | |
TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)的介紹和使用（包含了轉(zhuǎn)錄組、基因組、表觀組和臨床信息數(shù)據(jù)） | |||
GEO數(shù)據(jù)庫(kù)介紹：?數(shù)據(jù)量最大的高通量公共數(shù)據(jù)庫(kù)。 | |||
GEO數(shù)據(jù)庫(kù)的高通量芯片數(shù)據(jù)查找、篩選、探針轉(zhuǎn)換、差異分析等。 | |||
12:00-13:30 | 午餐及午休 | ||
13:30~15:00 | R語(yǔ)言學(xué)習(xí) | R軟件與Rstudio軟件下載、安裝、界面。 R語(yǔ)言基礎(chǔ)：元素、向量、矩陣、數(shù)組 R語(yǔ)言函數(shù)：計(jì)算函數(shù)、統(tǒng)計(jì)函數(shù)等 R語(yǔ)言路徑確認(rèn)及修改 R語(yǔ)言文件（圖、表）的導(dǎo)入和導(dǎo)出 | |
15:20~17:00 | R語(yǔ)言學(xué)習(xí) | R語(yǔ)言包：包的下載安裝 R語(yǔ)言：差異分析limma包使用、火山圖制作 | |
第二天 | 8:30~10:00 | TCGA相關(guān)的下載工具 | TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)癌癥數(shù)據(jù)下載：RNA-seq數(shù)據(jù)、miRNA-seq數(shù)據(jù)、 甲基化數(shù)據(jù)、基因組數(shù)據(jù)及臨床信息數(shù)據(jù)的下載 |
10:20~12:00 | TCGA相關(guān)的分析工具 | TCGA數(shù)據(jù)分析——突變分析、差異分析、關(guān)聯(lián)分析、 生存分析、miRNA調(diào)控靶基因分析等。 | |
12:00-13:30 | 午餐及午休 | ||
13:30~17:00 | 數(shù)據(jù)的后續(xù)高級(jí)分析工具實(shí)戰(zhàn) | DAVID功能富集分析——GO富集和KEGG pathway富集分析 | |
通路map圖構(gòu)建 | |||
聚類(lèi)熱圖制作 R語(yǔ)言pheatmap包做聚類(lèi)熱圖 | |||
蛋白與蛋白互作分析（PPI）——STRING數(shù)據(jù)庫(kù) | |||
第三天 | 8:30~12:00 | 數(shù)據(jù)的后續(xù)高級(jí)分析工具實(shí)戰(zhàn) | cytoscape軟件（上）：網(wǎng)絡(luò)圖構(gòu)建與美化 |
cytoscape軟件（下）：插件使用 | |||
GSEA軟件的實(shí)操：全基因集富集分析 | |||
12:00-13:30 | 午餐及午休 | ||
13:30~16:00 | 思路討論 | 基于GEO數(shù)據(jù)庫(kù)多套數(shù)據(jù)整合（meta）分析思路演練 | |
基于TCGA的lncRNA-miRNA-mRNA全轉(zhuǎn)錄組整合分析思路演練 | |||
基于TCGA的甲基化與轉(zhuǎn)錄組整合分析思路演練 | |||
基于TCGA的基因組與轉(zhuǎn)錄組整合分析思路演練 | |||
串講 | 思路大串講 | ||
備注：講師使用windows10系統(tǒng)講解，建議攜帶同樣系統(tǒng)的電腦 | |||
上課軟件為：Cytoscape，Heml，GSEA，R和Rstudio | |||
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會(huì)議嘉賓
（最終出席嘉賓以會(huì)議現(xiàn)場(chǎng)為準(zhǔn)）
講師簡(jiǎn)介：宋偉博士
成果：參與完成了近百篇軟件著作權(quán)和發(fā)明專(zhuān)利的撰寫(xiě)和申請(qǐng)；肺癌、胰腺癌、骨肉瘤、胃癌等數(shù)據(jù)庫(kù)的分析和構(gòu)建；完成個(gè)體基因檢測(cè)流程和無(wú)創(chuàng)唐篩流程的開(kāi)發(fā)。
研究方向：有近十年的生信分析經(jīng)驗(yàn)，擅長(zhǎng)方向有轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析、芯片數(shù)據(jù)分析、疾病機(jī)理研究分析、疾病預(yù)后與基因關(guān)聯(lián)分析、項(xiàng)目分析思路設(shè)計(jì)以及個(gè)性化分析等，精通perl、R等編程語(yǔ)言。
培訓(xùn)經(jīng)歷：在上海、北京、廣州、沈陽(yáng)、南京等城市舉辦過(guò)幾十場(chǎng)培訓(xùn)班。
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參會(huì)指南
會(huì)議門(mén)票 場(chǎng)館介紹
收費(fèi)標(biāo)準(zhǔn)：會(huì)務(wù)費(fèi)：3800元每位（會(huì)務(wù)費(fèi)包含電子版教材、午餐，住宿費(fèi)自理。）
優(yōu)惠政策：
1.提前確認(rèn)報(bào)名及轉(zhuǎn)賬的，可以提前拿到學(xué)習(xí)材料
2.三人組團(tuán)報(bào)名，每人優(yōu)惠100元
3.四人組團(tuán)報(bào)名，每人優(yōu)惠200元，
4.六人組團(tuán)報(bào)名繳費(fèi)，可免1人參會(huì)費(fèi)！?
可以開(kāi)正規(guī)會(huì)務(wù)發(fā)票，紙質(zhì)邀請(qǐng)函（蓋紅章）。?
注意事項(xiàng)：必須攜帶win7以上系統(tǒng)的電腦，現(xiàn)場(chǎng)不得錄音錄像。上課軟件為Cytoscape，Heml，GSEA，R和Rstudio。
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上海浦東中興和泰酒店
交通指南：
浦東張江地區(qū)駕車(chē)距離2.7公里（約6分鐘）、上海浦東國(guó)際機(jī)場(chǎng)駕車(chē)距離26.2公里（約42分鐘）、上海虹橋國(guó)際機(jī)場(chǎng)駕車(chē)距離30.5公里（約74分鐘）
上海中興和泰酒店位于浦東張江高科技園區(qū)的核心地帶，附近有地鐵二號(hào)線張江高科站，毗鄰新國(guó)際博覽中心、磁懸浮車(chē)站，距離迪士尼度假區(qū)20分鐘車(chē)程左右；周邊生活設(shè)施齊全，有集餐飲、KTV、電影院等休閑娛樂(lè)為一體的綜合性休閑廣場(chǎng)。
酒店占地面積一萬(wàn)多平方米，屬園林景觀式酒店，擁有精心裝修的各式客房，環(huán)境優(yōu)雅、舒適，特設(shè)園林景觀房、湖景套房。同時(shí)酒店全面覆蓋WIFI，讓你隨時(shí)隨地享受網(wǎng)上沖浪的樂(lè)趣。
店內(nèi)有中、西餐廳、商務(wù)中心、大堂吧、10個(gè)中小型會(huì)議室、健身房、乒乓球室和SPA館，裝修溫馨舒適、服務(wù)貼心細(xì)致，讓你流連忘返。
溫馨提示
酒店與住宿:
為防止極端情況下活動(dòng)延期或取消，建議“異地客戶”與活動(dòng)家客服確認(rèn)參會(huì)信息后，再安排出行與住宿。
退款規(guī)則:
活動(dòng)各項(xiàng)資源需提前采購(gòu)，購(gòu)票后不支持退款，可以換人參加。
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